轨道交通事业总部组建于2015年，现有职工123人，其中硕士及以上学历人员占50%，主要职能是负责北京轨道交通规划、建设、运营、资产全过程管理，统筹市郊铁路和“智慧地铁”工作。近年来，轨道交通事业部认真落实北京城市总体规划，保障冬奥会部分赛事交通出行，提升回天地区基础设施服务水平，有效保障新机场线、7号线东延、八通线南延等线路按时开通。编制《北京智慧轨道交通发展行动策划方案》、区域快线（含市郊铁路）线网规划，着力提升市郊铁路运营服务水平。轨道交通事业总部注重科研创新，《依托资产信息化建设提升轨道交通资产精细化管理的创新实践》获第三十三届北京市企业管理现代化创新成果一等奖, 《基于信息化平台的轨道交通资产精细化管理》获第二十五届全国企业管理现代化创新成果二等奖。