北京市的南繁工作开始于1966年，20世纪70年代—90年代逐步发展壮大，截至2018年11月，北京全年在琼南繁单位达到53家，来琼科研人员818人，南繁科研制种面积近5000亩。北京已成为全国南繁面积最大的省份之一，占全国的15%，南繁科研人员占全国的10%。这些往返奔波于北京海南的科研育种者，就是推动北京现代种业发展的“候鸟”一族。50多年来，南繁工作对我市农作物新品种更新换代、首都“米袋子”“菜篮子”建设和都市型现代农业发展发挥了重要作用。自1983年以来通过北京市审（鉴）定的玉米、水稻、大豆、西瓜、蔬菜等新品种全部出自南繁，育成农作物高产新品种1000余个，推动全市乃至全国农作物品种6-7次更新换代，增产幅度10%以上。
为了加强管理力度、提升服务质量，北京市1989年在三亚荔枝沟师部农场建成北京市南繁指挥部办公楼；1992年，经市编委批准建立了北京市南繁指挥部，隶属于北京市种子管理站。多年来，北京市南繁指挥部承担南繁监管职能，确保南繁基地生物生态安全；提供南繁服务，协调解决我市南繁单位治安、用地、用水、用电等问题，维护了北京南繁正常秩序。
2015年10月，国家出台了《国家南繁科研育种基地（海南）建设规划（2015-2025）》，标志着南繁事业又迎来新的历史机遇期。2018年4月，习近平总书记亲自视察三亚国家南繁科研育种基地，提出了要建成“南繁硅谷”的目标。北京市积极响应中央的号召，2017年组织实施《北京市南繁科研育种基地（海南）建设方案》（以下简称《建设方案》），计划在原有北京市南繁科研基地的基础上新建基地5000亩及生产生活配套设施，并进一步提升北京市南繁指挥部实验培训服务水平。
由于军队改革，位于荔枝沟师部农场的北京市南繁指挥部正面临搬迁，经多番考察与研究讨论，指挥部重新选址入驻海南省陵水县清水湾国际信息产业园。本着“首都水平、海南特色、廉洁要求”的原则，购置改造南繁指挥部实验培训楼。根据国家和北京市相关建设标准和要求，市种子管理站编制了南繁指挥部实验培训楼改造方案，经专家论证后，2017年8月开始改造施工，并于2018年完成施工验收并正式投入使用。新指挥部有南繁成果展厅188平方米、会议培训室222平方米、实验室106平方米，采购设备设施130台套（其中检测仪器设备78台套）。实验室建立了水分、发芽率、净度三个常规项目检验区，样品和试剂制备区、DNA提取区、PCR扩增区、电泳室5个功能区，具备开展水分、净度、发芽率、品种真实性和纯度等分子检测能力。同时，在一楼建造了总容积为110立方米的低温低湿农作物品种标准样品库。北京市南繁指挥部实验培训楼的建成，进一步拓展了北京市南繁工作培训、检测功能，南繁指挥调度、组织协调、会商研讨、综合服务条件大大改善，北京市南繁指挥部作为我市南繁事业的工作站、管理站和服务站的服务管理能力大大提升。依据《建设方案》，北京市南繁单位新流转的核心区土地，市财政给予租金30%的土地租赁与建设补贴。为确保土地流转工作顺利开展，切实满足南繁单位的实际需求，北京市种子管理站2017-2018年组织开展了实地勘测、现场考察、土地划分、协调地块、签订合同等一系列工作，并按照《北京市南繁科研育种基地建设和补贴管理暂行办法》，将补贴资金及时发放给南繁单位，确保各核心区土地流转工作有序推进。
2018年12月14日北京市种子管理站举办南繁法律法规培训班，北京市南繁单位相关负责人共70人参加。会上，邀请专家详细讲解海南省种子管理条例、海南省植物检验检疫管理办法和南繁生产备案程序。并提供平台供南繁单位与三亚、乐东、陵水南繁局有关负责同志开展工作交流。通过这次培训班，进一步强化南繁单位法规意识，突出宣传南繁新规划、新方案、新发展。
2018年12月，北京市种子管理站组织12名执法人员对北京市种子企业及在京科研单位海南基地玉米试验品种进行抽样检查。按照《北京市2018年农业转基因生物安全监管方案》（京农基安办字〔2018〕1号）、《关于进一步加强北京市农业转基因生物研发试验监管工作的通知》（京农基安办字〔2018〕3号）、《关于进一步加强北京市农业转基因种子生产经营监管工作的通知》（京农基安办字〔2018〕4号）的要求，南繁指挥部前期进行了周密的调研，确定基地数量及位置（据统计，在海南开展普通玉米南繁的北京市单位有27家），确保抽检全覆盖。此次共在27家单位的南繁基地抽取样品457个，每份样品取20个初次样品，在南繁实验室里采取PCR检测方法进行检测。此项工作的开展进一步提高了我市南繁企业及研发单位的自律意识，保障农业生物生态安全。
