从金代开始，“坐拥”大运河的古城潞县（今潞城镇）就备受历代统治者的关注，渐渐的，因希望“漕运通畅”而有了通州。
此图为《潞河督运图卷》局部，清代江萱画。这幅画描绘的是乾隆时期运送南方各省漕粮抵达通州时的繁忙景象，但也有学者指出此画反映的是天津三岔口漕运景象。
通州从此也因漕运而兴盛。元代，修建通惠河运送粮食；明清时期，除了通惠河，还通过陆路运送粮食,通州被称为“皇家码头”，扼守北京城的东大门。当然，更多的漕粮及货物都被暂存在通州，因此，全国乃至世界各地的物资都汇集于此，形成了货品丰富、琳琅满目的繁华市集。清乾隆年间，英国马戛尔尼使团来华，他们一路沿着运河北上，在通州上岸进京。他们目睹了通州作为“天下第一通漕之处”的繁盛景象。
如今，虽然漕运不再兴盛，但通州因为独特的地理位置，再次成为京津冀一体化发展中的重要节点之一，一座国际化的城市将再次矗立于古运河畔。
西汉
先有潞城后有通州
光绪年间《顺天府志》中的通州地图
地铁6号线的东端首站潞城是未来行政副中心的核心所在地。很多人们会有些奇怪：说是“城”，但是为什么没有见到城呢？在历史上，“潞城”确实是一座古城的名称，其故址就在潞城镇政府西侧的古城村。
西汉初年，涿郡（今北京）的东面设置了一座城镇，由于这座城正好位于东西往来的通衢要道上，因此便以“路”字命名，取名为“路县”。其所辖范围除了今天的通州区以外还包括河北省三河市大部分地区以及平谷区的一部分。也就是说，当时的燕郊和通州属于路县。后来由于县城西侧有一条叫做“潞水”的河流（即今温榆河），因此而改名为“潞县”。到了东汉初年，位于今天密云境内的渔阳郡将郡治迁到了这里，此后不久，郡守彭宠因为叛变而遭讨伐，整个潞县城在兵火中化为灰烬。重新设置的潞县迁到了今天燕郊东北的军下村（大致在规划中地铁平谷线三河西站附近）。到了北齐年间，潞县再次迁移，最终落在了今天通州城区的位置。
唐高祖武德元年（618年），将隋朝的涿郡（即今北京）改名为幽州，第二年将潞县改名为玄州。幽和玄两个字都代表的是“北方”。同年，原属于潞县的东部地区单独设置为临泃县，这就是今天河北省三河市的前身。贞观元年（627年），废除玄州，重新改称“潞县”，临泃县也在开元四年（716年）改名为三河县，并隶属于幽州。这是通州和三河的第一次“分手”。
五代的后晋时期，北方幽云十六州被儿皇帝石敬瑭割让给了辽国，后来金灭辽，将幽州升格为中都城。为满足都城粮食的供应，位于大运河北端的潞县受到关注。因为来自于南方的粮草，大多要通过运河到达潞县，再运抵都城。于是在金朝海陵王天德三年（1151年），正式将这里命名为“通州”，取“漕运畅通”的含义。这也是通州命名之始。
